而误事的君子，没有怀忠而报国的小人。今有向来不知羞耻、惨杀名士贤人的吕纯如，四处活动，想为自己翻案。王永光身为吏部尚书，假窃威福，用小人而斥贤人，专权跋扈，心狠手毒；弄虚作假，假装诚直；论资升迁，变乱祖制；考试选拔，摈弃清正。举朝震恐，但无人敢言。臣子都如此，不是国家之福！”崇祯皇帝御览后，半信半疑，命文震孟列举事实上奏，文震孟奏言：“杀名士贤人，吏部郎中周顺昌；论资升迁，贬抑吏科都给事中陈良训；考试选拔，摈弃中书舍人陈士奇、潘有功。”崇祯帝不能不信了，责斥王永光。

王永光恼羞成怒，发誓报复，他勾结太监王永祚，谎言那陈士奇乃姚希孟的门生，而文震益乃姚希孟的舅舅，故文震孟偏向陈士奇而诋毁王永光。在王永光与文震孟之间，崇祯帝更相信王永光，他打消了对王永光的怀疑，转而怀疑起文震孟来，他下诏宽慰王永光，责斥文震孟肆意诋毁，文震孟着实受了一场冤枉。尽管他的忠心不为崇祯帝所理解，但王永光一伙却不得不收敛一下，他们翻案的野心化作泡影。文震孟不仅遭到崇祯帝的斥责，且得罪了权臣王永光，他觉得难以再在朝中做官了，遂退隐田园。

任命文震孟为东宫右春坊的长官右庶子，要他出仕。文震孟不得不从命，赴北京上任，几年后，文震孟进宫为东宫衙门詹事府的少詹事。出任少詹事不久，他上疏请求修正《光宗实录》，辨明是非。《光宗实录》是熹宗天启年间编纂的，当时的礼部侍郎周炳谟，在编写神宗朝的储位之争及“妖书“、“梃击“诸案时，秉笔直书。魏忠贤专权，御史石三畏奏劾周炳谟贬斥神宗，周炳谟被罢官。魏忠贤命他的党徒重修《光宗实录》，歪曲事实，诋诬拥卫皇太子的大臣。文震孟摘录了《光宗实录》中最为荒谬的记载数条，上疏请求改正，崇祯帝召集群臣面议。内阁首辅温体仁为人奸诈，倾向‘阉党’，嫉贤妒能，他与爪牙、内阁大臣王应熊百般阻扰，致使修正《光宗实录》一事不了了之，文震孟愤恨不已，但也无可奈何。

不久，一条震惊朝野的消息传到北京：高迎祥、张献忠、李自成率部攻下凤阳，焚毁明朝皇帝的祖坟，崇祯帝闻讯，大惊失色，慌忙穿上孝服哭祭，诏杀凤阳巡抚杨一鹏。文震孟乘机上疏，指斥当权的大臣误国，他说：“当前诸臣，不能忧国奉公，结党营私，致使江山危若累卵。最近几年来，振肃纲纪都采取了哪些措施？选贤任能用了几人？安内攘外有什么策略？富国强兵有何方法？陛下应奋然一怒，颁发哀痛之诏，追究犯法该职者的罪行，从重处治，采取切实可行的安抚、绥靖政策，放宽对黎民百姓的征派。先收人心以遏制叛逆，慢慢地再筹划增加税收的方法，切毋竭泽而渔。把那些患得患失的官吏都赶出朝廷，集思广益，群策群力以定国乱。如此，国家尚可挽救。”在当时来说，这确实是一条良策。但是，崇祯帝缺乏用人之明，且刚愎自用，没能按文震孟的建议去做，文震孟此举却得罪了内阁首辅温体仁，温体仁伺机报复。

不久，机会便来了，经筵向来不讲《春秋》，崇祯帝认为《春秋》有裨治乱，命内阁择人进讲，文震孟精通《春秋》，为当时名家，他原本就是讲官，无疑是最佳人选。但温体仁嫉恨文震孟，摒而不用，内阁大臣钱士升盛誉文震孟，说他可当此任，温体仁无奈，遂佯装道：“差点漏了这个最佳人选！“列名奏上，文震孟进讲，很合崇祯皇帝的心意。过了几个月，崇祯帝准备增加阁臣，召廷臣数十人，考试票拟，文震孟列名其中，但他自知得罪了内阁首辅温体仁，难以与他共事，遂托病不参加考试。但崇祯帝觉得文震孟是个人才，遂未经考选，特擢文震孟为礼部左侍郎兼东阁大学士，入阁参预机务，文震孟两次上疏辞谢，崇祯皇帝不允。

文震孟成了一名内阁大臣，按照惯例，阁臣一经任命，即向司礼监投