雄辽东，而阁臣出师，保命偷安；惨败如镇压贵州土司安邦彦的反叛，而督抚大臣坐视，致敌肆横，也没听说受什么责罚。近来的举动，尤为令人惊异。邹元标去职，冯从吾杜门，首辅大臣相率求退。空虚国家以营私窟，如同朱全忠杀裴枢等朝士而投尸于黄河；骂道学以逐名士，比禁学之祸还要厉害。唐、宋末季，可为前车之鉴。”文震孟此疏虽只字未提魏忠贤，但矛头所向，却是魏忠贤和他的“阉党“。

文震孟把他的奏疏呈上，谁知却被魏忠贤从中扣留，没有呈到熹宗皇帝那里，魏忠贤伺机报复。一天，熹宗正在看戏，魏忠贤说了文震孟奏疏中傀儡登场几句话，说文震孟把皇上比作木偶，不杀无以谢天下，昏庸的熹宗对魏忠贤一向言听计从，称赞他讲得有道理。一天，魏忠贤忽然传旨：延杖文震孟80棍。

延杖行刑的地点在紫禁城的正门，午门前的御街东侧，文震孟被拉到刑场，文武官员奉命至午门外西墀下观看行刑，左边是太监，右边是锦衣卫官校。旗校数十人，臂戴袖套，手执木棍，静候听命，监杖的司礼太监王体乾宣旨已毕，旗校便用麻布兜将文震益的肩脊以下部分束起来，用绳子绑住两脚，四面牵曳，文震孟俯卧。这时，左右厉声高唱：“搁根！”旗校一人将根搁在文震孟的大腿上，左右一声断喝：“打！”旗校挥棍杖击文震孟的大腿，每打5棍，就换一个旗校，80根下来，文震孟被打得皮开肉绽，接着诏令下达：文震孟贬谪出京。

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职司监察、纠劾的御史和给事中纷纷上疏营救文震孟，为他说情，熹宗一概不理。文震孟也不去贬所，出京后便径直回了长洲老家，闭门谢客，打算终老于家。文震孟受杖而归距他荣赝状元桂冠不过七、八个月。文震孟在家度过了平静的四年，第五年上，太仓籍的进士顾同寅、官学生孙文赋诗悼念被“阉党”诬杀的抗金名将熊廷弼，被捕下狱，御史门克新奏劾顾同寅、孙文的诗为“妖言”，还把文震孟牵扯进去。结果，文震孟被夺宦籍，贬为平民。

熹宗去世，他的弟弟朱由检承嗣大位，年号“崇祯”。面对衰颓的江山，崇祯帝试图挽狂澜于既倒，他登基后的第一件大事，便是铲除“阉党“，魏忠贤畏罪自杀，客氏被杖毙，“阉党“中坚人物崔呈秀也自缢身死。与此同时，皇帝诏令为被“阉党“害死、贬谪的官员平反，文震孟应召入京，出为侍读，在退出官场6年后，文震孟再次入仕。不久，文震益调任左中允东宫左春坊的属官，奉命以左中允的身份充任日讲，为崇祯帝讲解经史。

金主皇太极率十几万精兵从喜峰口攻入关内，一路杀掠，兵峰直抵北京城下，在押囚犯刘仲金等170人乘机越狱逃跑，被捉获。崇祯帝闻讯，龙须大怒，诏令逮捕刑部尚书乔允升、左传郎胡世赏及提牢主事熬继荣下狱，准备问死。按律乔允升、胡世赏不应受此罪，崇祯皇帝此举失当，但他正在火头上，公卿大臣无人敢谏刚直的文震孟不肯坐视，打定主意劝谏。一天，轮到文震孟为崇祯皇帝讲解《鲁论》、《论语》，在鲁地流传的一种版本，讲到“君使臣以礼“一段时，他反复讲解，规讽崇祯帝，崇祯帝感悟，马上降旨放出乔允升、胡世赏。

因边境危机，崇祯帝下诏求安边将才，‘阉党’残余王永光时为吏部尚书，乘机荐举同党吕纯如等人，试图为‘阉党’翻案。一时间，‘阉党’的残渣余孽蠢蠢欲动，鼓噪翻案，文震孟见状，上疏弹劾，但崇祯帝很宠信王永光，不信他有什么不轨行为，对文震孟的奏疏不予理睬。不过，他也没有怪罪文震孟，相反认为他忠心可嘉，把他升为左谕德，掌管司经局。

司经局是东宫衙门，职司经籍。文震孟仍兼任日讲官，文震孟坚信王永光图谋翻案，遂再一次上疏说：“众小人合谋，想借守边将才等事为‘阉党’翻案。天下有无才